I anledning af den officielle flagdag for Danmarks udsendte flager forsvarets og statens øvrige bygninger den 5. september 2009. Flagdagen indledes med en mindegudstjeneste i Holmens Kirke i tidsrummet 11.00 – 12.00. Normalt ville kirken, hvor mindegudstjeneste holdes flage på halv, men da Holmens Kirke ikke har flagstang, vil det ved denne lejlighed ikke være tilfældet.