Logoet benytter sig af Forsvarsministeriets krone og farver og signalerer på den måde det danske forsvars civil-militære tilgang. De fire blå cirkler omkring kronen repræsenterer den sikkerhed for Danmark og den danske befolkning, som CBRN – instituttet sammen med ekspertberedskaberne på det kemiske, biologiske, radiologiske og nukleare område er med til at opretholde.
 
At cirklerne er brudte og forskudte indikerer, at samtænkning og fleksibilitet skaber et mere robust beredskab. Samlet fremstår cirklerne som ringe i vandet og er på den måde et billede på CBRN – instituttets opgaver med koordinering, videndeling og informationsformidling.