Det danske formandskab varetages af Forsvarsministeriet. Formandskabet vil udover at sikre den fortsatte fremdrift i samarbejdet også udvikle nye prioritetsområder.

Formandskabet for NORDEFCO roterer mellem de fire nordiske lande Danmark, Finland, Norge og Sverige (Island deltager, men holder ikke formandskabet). Sverige varetog formandskabet i 2015, og Finland overetager formandskabet i 2017.